مقام معظم رهبری  یک فقیه و مجتهد عادل و جامع الشرایط می باشد و لازم به ذکر است که ایشان فقاهت و اجتهاد را در زمان تصدی مقام رهبری یا ریاست جمهوری بدست نیاورده بلکه قبل از انقلاب آن را کسب نموده اند. برای روشن شدن این به موضوع مختصری تحصیلات سابقه و تدریس معظم له اشاره می شود.
معظم له در سن 14 سالگی دروس حوزوی را در مشهد شروع و ادبیات عرب را در مدرسه سلمان خان به پایان رسانید. و شرایع را هم نزد پدر بزرگوارشان و دروس سطح را در مدرسه نواب به پایان رساند.
در سن 16 سالگی در درس خارج مرحوم میلانی شرکت می کرد چون از استعداد خاصی برخوردار بود لذا کم نظیر بود که جوانی در سن 16 سالگی بتواند در درس خارج شرکت نماید.
معظم له تا سال 1337 در مشهد علاوه بر تحصیل به تدریس صرف و نحو، فقه و اصول مشغول بودند. در سال 1337 تا 1343 در قم اشتغال به تحصیل و تدریس داشتند و در محضر اساتیدی چون آیات عظام میرزا احمد مدرس یزدی، آیت الله حاج شیخ هاشم قزوینی و میرزا جواد اقا تهرانی و مرحوم امام و آیت الله بروجردی و آیت الله حاج شیخ مرتضی حائری بهره می جستند.
مدتی هم در نجف اقامت داشتند و در درس آیت الله حکیم, خویی و شاهرودی و میرزا باقر زنجانی, میرزا حسن یزدی و ... شرکت می کردند.  
حضرت آیت الله فاضل لنکرانی می فرماید ایشان ( مقام معظم رهبری) اهل نظر و اجتهاد هستند. 20 سال پیش (قبل از انقلاب) وقتی در مشهد، در مسجد گوهرشاد با ایشان برخورد کردم. آن موقع ایشان از مدرسین محترم مشهد بودند. پرسیدم چه چیزی تدریس می کنید می فرمودند مکاسب از مهم ترین و مشکل ترین کتب علمی ماست. به نظر من ایشان (مقام رهبری) یک فقیه و یک مجتهد است به نظر من کسی که در سالهای طولانی در جهان سیاست، اساتیدی چون امام امت داشته و خودش دارای استعداد سرشار است چنین فردی داری مقامات بلند از درک سیاسی است. روزنامه رسالت، 22/3/68
آیت الله امینی می فرماید: حضرت آیت الله خامنه ای _ دامت برکاته _ در فقاهت و اجتهاد به مرتبه ای است که برای تصدی مقام ولایت و رهبری، صلاحیت کامل دارد. درر الفوائد فی اجوبه القائد، ص 19
آیت الله مؤمن می فرماید: هنگام رای گیری در مجلس خبرگان برای رهبری حضرت آیت الله خامنه ای اجتهاد معظم له با قیام هیأت شرعیه نزد این جانب ثابت بود؛ ولی بعدا به واسطه حضور در جلسات مباحثه فقهی، شخصا به اجتهاد ایشان پی بردم و اکنون شهادت می دهم که معظم له، مجتهدی عادل و جامع الشرایط می باشد. پیشین، ص 21. 
آیت الله یوسف صانعی می فرماید: آیت الله خامنه ای، نه تنها مجتهد مسلم می باشد، بلکه فقیه جامع الشرایط واجب الاتباع می باشد. پیشین، ص 17 
آیت الله جوادی آملی می فرماید: اجتهاد و عدالت حضرت آیت الله جناب آقای حاج سید علی خامنه ای _ دامت برکاته _ مورد تایید می باشد. لازم است امت اسلامی _ ایدیهم الله _ در تقویت رهبری معظم له در بذل نفس نفیس، در هیچ گونه نثار و ایثار دریغ نفرمایید. پیشین، ص 19.      
در این باره باید دانست که جامعه مدرسین حوزه علمیه قم که مرکب از ده‏ها مجتهد مطلق و چندین مرجع تقلید مى‏باشد حضرت آیت الله خامنه‏اى، را به مرجعیت پذیرفتند. هم‏چنین در اساسنامه جامعه مدرسین آمده است که چیزى به عنوان نظر آن جامعه معتبر است که حداقل شانزده نفر از اعضا آن را امضا کرده باشند. بنابراین اعلامیه جامعه مدرسین به این معناست که حداقل شانزده نفر از مجتهدان و خبرگان ایشان را مرجع تقلید جامع الشرایط مى‏دانند.
هم چنین در هنگام تصدی ولایت امر پس از رحلت امام خمینی (ره)، آیت الله العظمی اراکی(ره) و آیت الله العظمی گلپایگانی(ره)  اجتهاد ایشان را تایید کردند.        
معظم‏له به دلایلى از جمله احترام به سایر مراجع دیگر، حضور مراجع عالیقدر در حوزه علمیه قم و پاسخگو بودن به نیازهاى داخل کشور، مسؤولیت عظیم رهبرى و...، از انتشار توضیح‏المسائل در داخل خوددارى نمودند. البته این بدین معنا نیست که ایشان تنها مرجع تقلید خارج از کشور هستند و نمی توان در داخل از ایشان تقلید نمود. هماکنون افراد فراوانی در داخل کشور از ایشان تقلید می کنند و اشکالی ندارد.
معظم ‏له خود در این زمینه چنین مى‏فرمایند: «... ملت عزیز، عزیزان من، آقایان محترم و بزرگانى که از گوشه و کنار، گاهى به بنده پیغام مى‏دهند که رساله بدهید. بار فعلى من خیلى سنگین است. بار رهبرى نظام اسلامى و مسؤولیت‏هاى عظیم دنیایى، مثل بار چند مرجعیت است.... الان ضرورتى نیست... آن جایى که ناچار باشم؛ یعنى ضرورى باشد، حرفى نداشتم که بار این جورى را هم به دوش خودم بگذارم... این همه مجتهدین بحمدالله هستند... و البته خارج از ایران، حکم دیگرى دارد. بار آن‏ها را من قبول مى‏کنم چرا؟ به خاطر این که آن بار را اگر من برندارم، ضایع خواهد شد. آقایان امروز بحمدالله در این جا هستند و به عقیده‏ى من کافى هستند و کفایت لازم، بلکه فوق اندازه‏ى ضرورى را هم امروز در قم مى‏بینیم و...»روزنامه جمهورى اسلامى، 24/9/73 .
در حال حاضر فتاوای مقام معظم رهبری را می توان از کتاب های ذیل به دست آورد:
الف) توضیح المسائل مراجع (فتاواى دوازده تن از مراجع).      
ب ) ترجمه اجوبه الاستفتاآت (2 جلد).
ج ) راهنمای فتاوای امام خمینی و مقام معظم رهبری. 
د ) در صورتی که پاسخ سؤال شما در رساله ایشان پیدا نشد در صورتی که علم به اختلاف بین فتوای ایشان و امام خمینی ندارید می توانید در این زمینه به فتوای امام خمینی عمل کنید و یا می توانید با دفتر مقام معظم رهبری مکاتبه نمایید:     
- نشانى قم: خیابان شهداء (صفائیه) - دفتر مقام معظم رهبرى      
- نشانى تهران: خیابان پاستور - دفتر مقام معظم رهبرى
- مکاتبه با این واحد (قم، صندق پستى 4141).